История создания бассейновых органов управления регулированием использования и охраны водных ресурсов относится к семидесятым годам прошлого столетия.
22 апреля 1960 года Постановлением Совета Министров СССР от №425 «О мерах по упорядочению использования и усилению охраны водных ресурсов СССР» было принято решение об организации специальных органов по использованию и охране поверхностных и подземных водных ресурсов.
24 декабря 1973 года Совет Министров РСФСР образовал бассейновые (территориальные) управления по регулированию использования и охране вод на базе бассейновых инспекций по использованию и охране водных ресурсов (постановление Совета Министров № 569 от 11.11.1973 года «Об укреплении государственных органов по регулированию использования и охране вод в РСФСР», приказ № 690-пр от 24.12.1973 г. Министра мелиорации и водного хозяйства РСФСР).
В 1988 г. Министерство мелиорации и водного хозяйства СССР было преобразовано в Министерство водохозяйственного строительства СССР. В это же время был создан союзно-республиканский Государственный комитет СССР по охране природы, в ведение которого были переданы из Минводхоза СССР практически все функции по охране и использованию водных ресурсов: разработка и проведение единой научно-технической политики; государственный контроль за использованием и охраной вод; разработка соответствующих нормативов, правил и стандартов; выдача разрешений на специальное водопользование. В 1988 г. во исполнение Постановления Совета Министров РСФСР от 26 июля 1988 г. № 271 «О генеральной схеме управления мелиорацией и водным хозяйством РСФСР» 22 бассейновых (территориальных) управления по регулированию использования и охране вод были преобразованы в бассейновые водохозяйственные объединения, на которые возлагалось распределение водных ресурсов по отраслям народного хозяйства, обеспечение рационального водопользования и экономии воды, организация оперативного контроля за соблюдением лимитов водопотребления и водоотведения, разработка схем комплексного использования водных ресурсов, ведение государственного учета вод и государственного водного кадастра, осуществление мероприятий по улучшению состояния малых рек и эксплуатации водохранилищ, выдача разрешений на специальное водопользование.
9 марта 2004 г. Указом Президента РФ В.В. Путина «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» было создано Федеральное агентство водных ресурсов (Росводресурсы), которому передали правоприменительные функции и функции по оказанию государственных услуг и управлению имуществом в сфере водных ресурсов. Федеральное агентство водных ресурсов находится в ведении Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации. Возглавил Федеральное агентство водных ресурсов Хамитов Рустэм Закиевич. В 2009 году руководителем Федерального агентства водных ресурсов назначена Селиверстова Марина Валерьевна.
